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Durch das Aussterben der Herzöge von Zähringen 1218 ergab sich eine weitere Gelegenheit für die Kyburger, ihren Besitz zu erweitern, da Anna von Zähringen, die Schwester des letzten Zähringers, Berchtold V., die Ehefrau Ulrichs III. von Kyburg († 1227) war. In den Erbstreitigkeiten mit anderen Adelsgeschlechtern, die mit den Zähringern verwandt waren, konnte Ulrich III. für sich die linksrheinischen Besitzungen der Zähringer in der heutigen Schweiz behaupten. Darunter befanden sich sowohl Güter im damaligen Zürichgau im Herzogtum Schwaben wie auch im Aargau im Königreich Burgund, darunter die Städte Freiburg im Üechtland, Thun und Burgdorf. Die Herrschaftsansprüche der Kyburger aus dieser Erbschaft liessen sich aber nicht überall durchsetzen, sie verloren beispielsweise die Stadt Zürich und die Vogtei über das Kloster St. Gallen.
Um die Mitte des 13. Jahrhunderts wandten sich die Kyburger gegen die Staufer und wurden zur Hauptstütze der päpstlich-antistaufischen Koalition auf dem Gebiet der heutigen Schweiz. Im Streit zwischen Papst und Krone wandte sich HARTMNANN DER ÄLTERE von Kaiser FRIEDRICH II. ab und wechselte in das päpstliche Lager. Ihnen schlossen sich auch die Freiherren VON WART an, die sich nun eng an die KYBURGER anlehnten.
