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Er übernahm zunächst gemeinsam mit seinem Bruder Hermann VI. das väterliche Erbe, bis dieser 1247 nach seiner Einheirat ins österreichische Herzogsgeschlecht nach Österreich zog und Rudolf I. die Alleinherrschaft über die Markgrafschaft Baden überließ. Sein Bruder starb bereits 1250 und sein 1249 geborener Neffe, Friedrich wurde 1268 zusammen mit dem letzten Hohenstaufen, Konradin, in Neapel hingerichtet – Rudolf herrschte daher unangefochten in der Markgrafschaft.
Am 5. Oktober 1255 verkauft der Markgraf seinen Hof in Steinheim an der Murr an das neugegründete Kloster Mariental (Steinheim an der Murr).[3] Dieser Hof bildet den baulichen Grundstock des Klosters.
Er heiratete 1257 Kunigunde von Eberstein. Da die Ebersteiner bereits zu dieser Zeit kaum mehr finanzielle Mittel aufbringen konnten, vermachten sie die Hälfte der Burg Rudolf I. von Baden. 1283 wurde die andere Hälfte der Burg Alt-Eberstein durch Otto II. von Eberstein an seinen Schwager Markgraf Rudolf I. von Baden verkauft und die Burg Alt-Eberstein wurde im 14. Jahrhundert teilweise Sitz der Markgrafen von Baden.
Im Jahre 1250 begann Rudolf I. mit dem Ausbau des Schlosses Hohenbaden. Am 23. August 1258 verlieh König Richard von Cornwall (Richard von Cornwall, auch Richard von Cornwallis, (* 5. Januar 1209 in Winchester; † 2. April 1272 in Berkhamsted Castle) aus dem Haus Plantagenet war Earl of Cornwall, Graf von Poitou und ab 1257 römisch-deutscher König.) auf Bitten des Markgrafen Rudolf I. von Baden dem Ort Steinbach Stadtrechte. Die Herren von Weißenstein verkauften 1268 ihre Burg Liebeneck zusammen mit dem Dorf Würm dem Markgrafen Rudolf I. von Baden.
Rudolf I. war in viele kriegerische Streitereien mit den Grafen von Württemberg um badische Gebiete und mit dem Bischof von Straßburg wegen der Rheinzölle verwickelt. Erst durch eine spätere Heirat eines der Söhne Rudolfs kam es mit den württembergischen Grafen zur Aussöhnung.
Rudolf I. gilt als Förderer von Kirchen und Klöstern, so gehen das 1250 erbaute Seitenschiff und der Katharinenchor mit seinen berühmten Fresken der Wallfahrtskirche Bickesheim[4] auf ihn zurück. Als Liebhaber von Kunst und Minnesang wurde er von Beppo von Basel als frommer und mildtätiger Mensch gepriesen.