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Johannes de Spina war verheiratet mit Anna Maria Metzler (1652– nach 1714), einer Tochter des Rechenrats und Kammermeisteradjunkts Tobias Metzler, und bekam mit ihr zwei Töchter und sechs Söhne. Von seinen Kindern heiratete die Tochter Loysa Sara Catharina de Spina (1678–1742) den Kurfürstlichen Leibarzt und Hofapotheker Daniel Nebel und sein Sohn Friedrich Peter de Spina (1688–1721) wurde ebenfalls Jurist und Professor an der Hohen Landesschule in Hanau.