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Das ursprüngliche Zentrum der Klingenberger lag in der Umgebung von Homburg im heutigen Schweizer Kanton Thurgau mit der Burg Klingenberg (heute Schloss).
Ihre Herkunft ist ungeklärt. Es bestanden möglicherweise Beziehungen zu den Herren von Steckborn, Rosenegg und Mülheim, die um 1260 ebenfalls Lehen der Bischöfe von Konstanz um Homburg besaßen.
Die Klingenberger standen zunächst im Dienste der Bischöfe von Konstanz, dann der Grafen von Kyburg und später der Habsburger.
Erstmals belegt ist das Haus mit Heinrich von Klingenberg, der im Jahr 1200 als Zeuge für den Bischof von Konstanz auftrat. Dessen Sohn, ebenfalls Heinrich genannt, war ab 1271 der erste Nicht-Zürcher Propst am Grossmünster. Das Kloster Feldbach wurde von ihnen gefördert und nahm im Laufe der Zeit mehrere weibliche Familienmitglieder auf.
Neben den Herren von Landenberg waren sie eine der führenden Familien in der Region. Heinrich von Klingenberg war von 1293 bis 1306 Bischof von Konstanz, Abt des Klosters Reichenau und Kanzler des Reiches. Sein Bruder, Ulrich von Klingenberg, war von 1296 bis 1302 österreichischer Vogt von Mengen und Sigmaringen und 1303 Reichsvogt von Konstanz. Ein anderer Bruder, Konrad von Klingenberg, war 1294 bis 1300 Propst von Bischofszell, 1301 Dompropst von Konstanz, 1322–1324 Bischof von Brixen und 1324–1340 Bischof von Freising.
Der vierte Bruder, Albrecht, wie sein Bruder Ulrich ebenfalls zeitweilig Reichsvogt in Konstanz, erwarb am 16. Februar 1300 die Burg Hohentwiel um 940 Mark Silber von Ulrich von Klingen. Der Hohentwiel wurde von da an der Lebensmittelpunkt der Familie.