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Da Konrad I. mit der Grafschaft Auxerre entschädigt worden war, erbte Konrad II. diesen Titel, als sein Vater vermutlich 863 starb. Er scheint jedoch bald darauf in Ungnade gefallen zu sein, da Karl der Kahle ihm die Grafschaft entzog, und er an den Hof von dessen Neffen Lothar II. zog. Lothar II. und sein Bruder Ludwig II. übertrugen ihm die Aufgabe, das aufständische Transjuranien, das Land zwischen Jura und Alpen zu unterwerfen, wo weder Lothar II. noch Ludwig II. herrschte (Lothar hatte das Gebiet 859 an Ludwig abgetreten), sondern der Bosonide Hugbert, Lothars Schwager.
Konrad II. löste die gestellte Aufgabe, indem er 864 Hugbert bei Orbe in der Waadt schlug und zwei Jahre später, 866, als Markgraf selbst die Herrschaft in Transjuranien übernahm.
Konrads Todesjahr ist nicht bekannt. Bekannt ist lediglich, dass sein Sohn Rudolf I. bereits 872 als Markgraf von Transjuranien bezeichnet wird.
