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Rupert (Hruodpert), der „Apostel der Baiern“, war von hochadeliger Herkunft und stand in enger Verwandtschaft zum merowingischen Königshaus; möglicherweise stammt er aus der Familie der Robertiner.
Er wirkte Ende des 7. Jahrhunderts auf Ersuchen von Herzog Theodo II. als Bischof von Worms zuerst in der damaligen bairischen Hauptstadt Regensburg und unterwies den Herzog und seine Gefolgschaft im christlichen Glauben.
Rupert erhielt vom Bayernherzog Theodo in Regensburg dann die Erlaubnis, nach Gutdünken einen geeigneten Ort zu suchen, wo er Kirchen samt den für seine Arbeit notwendigen kirchlichen Bauten wiederherstellen sollte.
Rupert verließ Regensburg und fuhr mit dem Schiff donauabwärts bis an die Grenze des Herrschaftsgebietes der Awaren, nämlich Lorch (Lauriacum). Hier war eine erstaunlich starke frühchristliche Siedlung vorhanden. Die dortige Laurentiuskirche geht in ihren Wurzeln sogar auf römisch-heidnische Vorgängerbauten zurück. Seinen ursprünglichen Plan, die Awarenmission – sowie die der Slawen – musste er dabei angesichts der Kriege und der vielen Zerstörungen an der Landesgrenze offensichtlich aufgeben.
Danach zog er weiter, vermutlich auf der alten Römerstraße durch den Traungau und den Attergau in Richtung Salzburg, nach einem kurzen Zwischenhalt in Seekirchen ließ er sich an dem für seine Aufgaben günstigsten Ort, Salzburg, nieder, wo er noch eine romanische Restbevölkerung und vermutlich auch eine seit der Spätantike bestehende Mönchsgemeinschaft antraf. Die stattliche Kirche, die Rupert zu Ehren des heiligen Petrus errichtete, lag auf dem Platz des heutigen Domes. Mit der Errichtung der Peterskirche und des ersten Klosters erneuerte Rupert so das heute zumindest im deutschen Sprachraum älteste erhaltene Kloster, das nach der benediktinischen Regel lebt. Er verehrte seinen als Heiligen geltenden Wormser Vorgänger, Amandus von Worms, sehr und überführte den Großteil von dessen Reliquien nach Salzburg, wo er auch seinen Kult begründete.[2] Die Gebeine befinden sich hier noch heute in der Stiftskirche St. Peter, unter dem Amandusaltar;[3] der auf Rupert zurückgehende, originale Beisetzungs- und Verehrungsort wurde auf dem nahen Petersfriedhof, unter der jetzigen Margarethenkapelle lokalisiert.[4]
Im Schutz der „Oberen Burg“ (castrum/castellum superius, heute Festung Hohensalzburg) gründete der heilige Rupert 711/12 das Kloster Nonnberg, heute das weltweit älteste ununterbrochen bestehende christliche Frauenkloster.
Erste Schenkungen erfolgten unter Herzog Theodo (Weiler und Güter Maxglan und Piding). Im Bereich der Quellsalinen in Reichenhall erhält Rupert für das Stift St. Peter 20 Salzpfannen, ein Drittel des Salzbrunnens sowie den üblichen Herrenzins. Aber erst die späteren Schenkungen unter Herzog Theotpert ermöglichten ein auf längere Sicht überlebensfähiges Bistum. Die Maximilianszelle wurde ebenfalls von Rupert gegründet (ebenfalls 711/12).
Rupert kehrte 714 kurzzeitig in seine Heimat zurück, um seine Nichte Erentrud und einige männliche Helfer zu holen.
Rupert starb vermutlich am 27. März 718, wahrscheinlich in Worms. Seine Gebeine wurden vom heiligen Bischof Virgil anlässlich der Einweihung des Neubaus des Salzburger Doms am 24. September 774 nach Salzburg überführt.