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Werner IV. war der einzige Sohn des am Hofe des jugendlichen Königs Heinrich IV. einflussreichen Grafen Werner III. von Maden und im Neckargau, der 1065 in Ingelheim im Alter von noch nicht einmal 25 Jahren in einem Handgemenge erschlagen wurde. Er war mit dem salischen Königshaus verwandt. Da Werner IV. beim Tode seines Vaters erst etwa fünf Jahre alt war, verwaltete vorerst seine Mutter Willibirg (oder Willebirg) von Achalm aus Schwaben sein Erbe für ihn, während ein Vetter seines Großvaters Werner II., Graf Eberhard der Selige von Nellenburg, wie einst bei seinem Vater die Vormundschaft übernommen haben soll.[1] Kurz vor dem Tode von Werners Vater war dessen minderjähriger Schwager Werner II. von Achalm von Heinrich IV. zum Bischof von Straßburg ernannt worden. Der Papst beschuldigte die Beteiligten deshalb der Simonie. Dass der junge königstreue Bischof zudem dazu aufrief, den Zölibat zu ignorieren, machte ihn zum Exponenten des Investiturstreits, in den auch sein Neffe Werner IV. verwickelt werden sollte.
Werner heiratete eine hessisch-thüringische Grafentochter namens Gisela, deren Herkunft nicht gesichert ist. Die Ehe blieb ohne männlichen Erbfolger. Eine Tochter unbekannten Namens heiratete 1116 Adalbert von Kislau.