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Daniel Wilhelm Nebel war in erster Ehe verheiratet mit Maria Christina Hettenbach (1738–1784) und vermählte sich nach ihrem Tod mit deren jüngerer Schwester Catharina Elisabeth Hettenbach (1753–1788). Nachdem die erste Ehe kinderlos geblieben war, bekam er mit Catharina Elisabeth den Sohn Johann Daniel Nebel (1785–1841), der ebenfalls Medizin studierte und später Großherzoglicher badischer Medizinalrat wurde.
Der Arzt Johann Daniel Nebel (1785-1841) entstammte der Heidelberger Medizinerfamilie Nebel. Am bekanntesten wurde sein Urgroßvater Daniel Nebel (1664-1733), der den III. Botanischen Garten in Heidelberg am Areal des Ebert-Platzes anlegen ließ und der den Baseler Gelehrten Daniel Bernoulli (1700-1782) zu dessen Dissertation über die Atmung anregte.
An den Innen- und Außenwänden der Peters-Kirche befinden sich rund 150 Epitaphien von Universitätsprofessoren und kurfürstlichen Hofleuten.